Provavelmente, o sistema de acionamento da embreagem hidráulica está com problemas.
Só para você entender, o Onix utiliza um sistema de acionamento de embreagem que utiliza o fluido de freio, inclusive compartilha o reservatório. O que pode estar acontecendo é a presença de ar no sistema, ou falha em algum vedador do cilindro atuador do pedal de embreagem. Como o sistema utiliza a pressão do fluido para acionar, se houver ar, o mesmo é comprimido pelo óleo e resulta no não acionamento (pedal mole).
Como já é a segunda vez que isso ocorre, é preciso verificar se o ar está entrando no sistema por alguma conexão nas mangueiras de acionamento ou se o problema ocorre no rolamento/acionador escravo da embreagem (peça nº 7) ou no cilindro mestre do atuador (peça nº 12). Quanto ao custo, se o problema for no acionador escravo, o melhor é trocar todo o kit de embreagem por um novo. O custo da mão-de-obra será para a troca toda e normalmente não é dos mais baratos. Se for o atuador mestre, o custo da mão-de-obra tende a ser mais baixo, pois não é preciso desmontar muita coisa. Lembrando que possivelmente será necessário a troca do fluido de freio completo (aproveite para pedir para sangrar todo o sistema de freio junto).