@MVMT, fique tranquilo, pois o seu motor não será totalmente retificado. E mesmo que fosse, uma boa retífica e um bom mecânico faria o motor ficar perfeito.
No seu caso, somente o cabeçote precisará de intervenção. Normalmente são trocados as válvulas, e verificado suas vedações (sede e guias), troca de retentores e plaina da superfície de contato do cabeçote com o bloco. Fora a limpeza química, o que é bom. O comando também é bom trocar pelo problema dos cames saírem de "ponto". Fora isso, é montar tudo conforme as especificações e com peças de boa qualidade. O motor do Onix é simples e bem conhecido. Então, a maior preocupação vai ser com a mão de obra.
Tecnicamente falando, a única diferença é que o motor vai ficar com uma taxa de compressão um pouco mais alta (irrisória) devido a plaina na superfície.