O motor é o principal produtor de vácuo para o freio em qualquer veículo, porém a linha Onix/Prisma Automática possui sim bomba de vácuo elétrica, desde o seu lançamento. O seu uso provavelmente esteja relacionado a programação do câmbio AT que acaba abrindo a borboleta da TBI sem intervenção do acelerador para aumentar a rotação e manter a lubrificação do câmbio.
Para ilustrar minha afirmação:
Eu vi o vídeo, e este ruído é semelhante ao da bomba de vácuo elétrica. Pode reparar que o pedal do freio, mesmo com o carro desligado (e ignição ligada) nunca fica duro igual a qualquer outro carro. E ele aciona exatamente logo após pisar no pedal, pois isso libera o vácuo do servo. Fique tranquilo que isso não afeta a segurança, pelo contrário, aumenta.
Temos um Cruze AT e este também possui a bomba de vácuo e faz o mesmo ruído. O Prisma AT que temos também faz o mesmo ruído. Inclusive ao girar a chave na primeira partida do dia, pois o vácuo se perde.
Faça um teste simples: com o motor e ignição desligado, pise no pedal do freio até ficar pesado. Após isso, ligue somente a ignição e ouça o barulho da bomba. Depois pise no pedal e veja se ele ficou macio novamente.