Cara, acho que seu câmbio veio bichado de fábrica... Leva na CSS e manda eles analisarem isso. Se acontecesse em todas as marchas, diria que é a embreagem. Porém, como só acontece na segunda e terceira, o problema deve estar nas engrenagens. Se for, eles vão desmontar todo o carro para trocar o câmbio. E não, eles não fazem reparo em câmbio, não vale a pena.
Quanto a esse barulho, o meu Subaru Impreza fazia exatamente esse barulho e, ao ligar o ar, aumentava e a rotação ficava confusa. No meu caso, era rolamentos do ar e do alternador. No seu caso não deve ser diferente. Peça para a CSS examinar os rolamentos e/ou esse barulho.
Depois da troca, meu Impreza ficou completamente silencioso. Nem parecia o mesmo carro.
Abraço!