Com etanol o carro tem mais potência e uma queima mais limpa e completa. No entanto, não ache que o etanol é mais limpo do que a gasolina. Se o etanol chegasse nos postos 100% e os postos tivessem rotina de limpeza de tanques e utilizassem filtros, realmente seria. Mas isso não acontece. O etanol hoje circula por sistemas logísticos não dedicados, e posso afirmar que não são tão inspecionados quanto a gasolina. Isso quer dizer que eles chegam aos postos com resíduos, que se acumulam pelo sistema e principalmente nos tanques dos postos de combustível.
Assim, o etanol que você coloca em seu carro tem hoje GOMA e RESÍDUOS de óleo e até mesmo de melaço, que irão ajudar a entupir seu filtro de combustível rapidamente, e poderão causar tanto ou mais dano no sistema de injeção do que a gasolina. Hoje, a Gasolina e o Diesel (da Petrobras) tem um sistema de garantia de qualidade que rastreia o produto desde sua origem na refinaria (nacional ou estrangeira) até as distribuidoras e até mesmo nos postos, com programas de assistência técnica para os donos dos postos manterem seus tanques e sistemas em boas condições (o chamado "De Olho no Combustível"). Já o etanol NÃO tem esse sistema, o que implicita em menor controle de qualidade.
Particularmente, eu prefiro o etanol à gasolina pois ele melhora o controle e a potência do meu carro, porém tive péssima experiência recente (problema de entupimento do filtro de combustível com 7000 km e barulho na bomba) e estou usando, à contra gosto, gasolina. No RJ, o etanol realmente não compensa pelo preço, mas eu gostava de usar o combustível, pois ele é sim menos poluente e queima melhor, mas ele também traz desvantagens como sair limpando todos os lubrificantes do carro, forçando a bomba de combustível e causando a corrosão antecipada (devido à sua baixa lubricidade) do sistema de injeção.
No final, a escolha é uma opção pessoal, pq os dois combustíveis tem prós e contras. O ideal é mesmo usar uma mistura de Gasolina e Etanol, dado que nossos carros são flex e operam melhor com essa mistura. Hoje, com a gasolina já contendo 25% de etanol, a mistura ideal seria na proporção de 1:2 (um litro de etanol hidratado para cada 2 litros de gasolina E25). Com nosso tanque de 50 litros, vc colocaria 16 litros de etanol e completaria com gasolina.