Amigo,
Tive um problema parecido uma vez com um gol g5 que tive e estava em garantia. No meu caso, foram os tuchos os responsáveis por ter ficado quase 15 dias sem carro.
Na época disseram que iram repara-lo e eu não aceitei. Acredito que se o veículo está em garantia devemos exigir nosso direito por qualidade. Agora, não sei se no seu caso há necessidade de troca de todo o motor. De repente essas peças são apenas uma parte dele e não há necessidade de troca inteira.
Como, geralmente, não sabemos ao certo o que aconteceu em mínimos detalhes, sugiro vc conversar com o chefe da oficina onde está seu veículo e verificar com um mecânico de sua confiança se o procedimento da concessionária está correto. Caso não concorde, exigir seus direitos com o motor novo é o caminho.
Sucesso aí. De qualquer forma poste depois o que resolveram.